在育种管理中,仅看某一时点的有效始祖数或有效祖先数,往往不足以判断多样性流失的速度与来源。本文在经典有效数基础上,引入基于香农信息熵的有效始祖数(feH)与有效祖先数(faH),说明其原理、公式与“长尾”遗传贡献的解释方式;并结合 visPedigree::pedhalflife() 和真实群体数据集 G09_prunedPed.csv,演示如何评估多样性半衰期、拆解始祖效应/瓶颈/漂变三类衰减来源,以及如何建立 pediv() 与 pedhalflife() 联合使用的年度育种监控流程。
pediv()
pedhalflife()
在群体遗传学和系谱分析中,有效始祖数(fe)与有效祖先数(fa)是衡量群体遗传多样性与遗传瓶颈的两个核心指标。本文通过构建具备典型“瓶颈效应”的微型系谱模型,以纯手工推导的方式拆解这两个参数的计算原理,最后调用 visPedigree::pedcontrib() 函数进行自动化计算,实现理论推导与工程实现的交叉验证。
记录参与罗虾育种20年的零碎感悟,以及对杨国梁研究员的深切怀念。
visPedigree 1.0.1 cran正式发布。新版本通过 C++ 加速与图论优化重构核心架构,新增高亮追踪、近交系数可视化及矩阵分析工具,显著提升大规模系谱数据处理效率。
利用 DataExplorer 和 Tidyverse 进行高效的数据清理与可视化
大模型编程世代到来了