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From pedigree records to genetic diversity analysis in R with visPedigree

Genetics

Pedigree

Breeding

Conservation

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A pedigree-based genetic diversity workflow in R: pedigree completeness, generation intervals, founder contributions, effective population size, and diversity half-life with visPedigree.

Aug 6, 2026

Sheng Luan

visPedigree 软件论文发表：复杂育种系谱数据的整理、分析与可视化

visPedigree

Pedigree Analysis

Breeding

Software

visPedigree 软件论文在 Bioinformatics Advances 发表。介绍该 R 软件包在系谱数据标准化、复杂家系可视化、群体遗传分析和百万级数据处理方面的功能与应用。

Jul 30, 2026

Sheng Luan

Visualizing complex pedigrees in R with visPedigree

Visualization

Pedigree

Breeding

r-bloggers

Turn raw pedigree tables into publication-ready graphs in R. From simple family trees to compact views of thousands of individuals.

Jul 26, 2026

Sheng Luan

面向水产动物家系选育的百万系谱分析：visPedigree 1.8.1 的工作流与方法学解释

Breeding

Pedigree Analysis

visPedigree

以一个包含 1,000,150 个体、50 个世代的模拟系谱为例，从水产动物家系选育的理论与技术体系出发，说明如何用 visPedigree 1.8.1 完成百万级系谱整理、参考群体多样性诊断、半衰期监控与局部可视化，并将结果转化为可执行的育种管理建议。

Mar 24, 2026

Sheng Luan

系谱多样性动态：Shannon 有效数（feH、faH）与多样性半衰期分析

Breeding

Pedigree Analysis

visPedigree

在育种管理中，仅看某一时点的有效始祖数或有效祖先数，往往不足以判断多样性流失的速度与来源。本文在经典有效数基础上，引入基于香农信息熵的有效始祖数（feH）与有效祖先数（faH），说明其原理、公式与“长尾”遗传贡献的解释方式；并结合 visPedigree::pedhalflife() 和真实群体数据集 G09_prunedPed.csv，演示如何评估多样性半衰期、拆解始祖效应/瓶颈/漂变三类衰减来源，以及如何建立 pediv() 与 pedhalflife() 联合使用的年度育种监控流程。

Mar 20, 2026

Sheng Luan

有效祖先数与有效始祖数的计算原理及其在visPedigree中的验证

Breeding

Pedigree Analysis

visPedigree

在群体遗传学和系谱分析中，有效始祖数（fe）与有效祖先数（fa）是衡量群体遗传多样性与遗传瓶颈的两个核心指标。本文通过构建具备典型“瓶颈效应”的微型系谱模型，以纯手工推导的方式拆解这两个参数的计算原理，最后调用 visPedigree::pedcontrib() 函数进行自动化计算，实现理论推导与工程实现的交叉验证。

Mar 8, 2026

Sheng Luan